توسعه نرم‌افزارشبيه‌سازي رفتار نانومکانيکي مولکول DNA در دانشگاه صنعتي شريف

توسعه نرم‌افزارشبيه‌سازي رفتار نانومکانيکي مولکول DNA در دانشگاه صنعتي شريف


محققان دانشکده فيزيک دانشگاه صنعتي شريف توانستند نرم‌افزار EMD براي شبيه سازي رفتار نانو مکانيکي مولکول DNA توسعه دهند.
به گزارش آريا، نرم افزار EMD که در گروه ماده چگال نرم دانشکده فيزيک دانشگاه صنعتي شريف تدوين شده، براي شبيه سازي مولکول‌هاي بيضوي شکل مانند سيستم‌هايي شامل ذرات کريستال مايع با شکل‌هاي غير کروي آماده شده است. اين نرم افزار در سايت اين گروه به آدرس http://softmatter.cscm.ir قابل دسترسي است.
به تازگي آرمان فتحي‌زاده موفق شده‌ که دامنه کاربرد اين نرم‌افزار را براي استفاده در شبيه سازي درشت دانه مولکول‌هاي DNA گسترش دهد. در عمل اين نرم‌افزار با تغييرات انجام شده به يک نرم‌افزار شبيه سازي ديناميک جسم صلب براي سيستم‌هاي درشت دانه تبديل شده است. همچنين گسترش فوق امکان استفاده از نرم‌افزار براي سيستم‌هاي پليمري را که تا قبل از اين در EMD وجود نداشت را ايجاد کرده است.
از امکانات افزوده شده به اين نرم‌افزار،امکان در نظر گرفتن پيوندهاي شيميايي ميان نقاط مختلف ذرات مدل، افزودن ميدان‌هاي نيروي مؤثر و هارمونيک بين دو جفت باز مجاور براي شبيه سازي خواص مکانيکي DNA، امکان در نظر گرفتن اندرکنش، تروستاتيک در محيط‌ هاي محلول با غلظت‌هاي يوني متفاوت ، ايجاد يک محيط گرافيکي براي ساختن ساده‌تر فايل‌هاي ورودي نرم افزار براي شبيه سازي DNA است.
در حال حاضر نرم افزار EMD به کمک امکانات افزوده شده جزو معدود نرم افزارهاي موجود براي شبيه سازي درشت دانه ديناميک مولکولي DNA با در نظر گرفتن ديناميک جسم صلب است.
اين طرح به سرپرستي دکتر محمدرضا اجتهادي، عضو هيات علمي دانشکده فيزيک دانشگاه صنعتي شريف انجام شده است.