رییس دانشگاه بیرجند با بیان اینکه این دانشگاه به شدت از کمبود بودجه رنج می‌برد، افزود: ما حتی در بخش‌های جاری مانند پرداخت حقوق و دستمزدها از الان تا انتهای سال با مشکل مواجه هستیم.
مشکل دیگر دانشگاه دور افتادگی آن است. از بیرجند تا تهران حدود 1000 کیلومتر فاصله است و امکان تردد زمینی از طریق قطار وجود ندارد، تنها مسیر هواپیما است که هفته‌ای 5 الی 6 پرواز انجام می‌شود و همین امر امکان رفت و آمد به این دانشگاه را به شدت محدود می‌کند.
وی با بیان اینکه این دانشگاه خارج از شهر واقع شده است، اظهار کرد: علاوه بر هزینه‌های دیگر، هزینه تردد از شهر به دانشگاه هم وجود دارد. از طرف دیگر به دلیل مسائل اقلیمی و جغرافیایی هوا گاهی بسیار سرد و گاهی بسیار گرم است و این باعث می‌شود که مصرف انرژی ما دو برابر شود.
رییس دانشگاه بیرجند به این سوال که این دانشگاه چه برنامه‌هایی برای درآمدزایی دارد پاسخ داد: مشکل دانشگاه‌های شهرستان‌ها در بحث درآمدزایی این است که بعضا محیط اطراف محیط چندان پویایی از نظر صنعت، کشاورزی و تجارت نیست بنابراین ارتباط با این حوزه‌ها سخت‌تر است.
خلیلی ادامه داد: به همین دلیل برای کسب درآمد رابطان پژوهشی تعریف شده‌اند که فعالیت آنها در شش ماهه دوم سال آغاز خواهد شد. هدف از به کارگیری این رابطان، افزایش درآمدها و طرح‌های پژوهشی است.
وی در پایان به نقش خیرین تاکید کرد و گفت: مدت کوتاهی است که خیرین کمک‌های خود را آغاز کرده‌اند و یکی از برنامه‌های آنها ساخت یک خوابگاه 500 متری برای دانشگاه است که بعدا در مورد اینکه این خوابگاه به پسران تعلق داشته باشد یا دختران تصمیم‌گیری خواهد شد.
